Будівництво великого п'ятибанного храму вимагало кваліфікованої кропіткої роботи і тривало 14 років. Але місцеві «муровщики» під керівництвом досвідченого архітектора успішно справились з цим складним завданням. Зведений за канонами російсько-візантійського мурування величний храм в основі мав форму квадрата із заокругленими кутами. Його увінчували п'ять масивних бань із золоченими хрестами, які трималися на склепіннях, що у свою чергу спиралися на чотири великих стовпи. Внутрішній простір храму прикрашав грандіозний семиярусний іконостас, який, за свідченням сучасників, був не гіршим від іконостасу Успенського собору Києво-Печерської Лаври. Стіни у вівтарі були розписані монументальним олійним живописом.

За час будівництва храму в історії України відбулися драматичні події, що позначилися на долях багатьох людей. Спроба Івана Мазепи за допомогою шведського війська вирватися з міцних обіймів російського царя-реформатора закінчилася поразкою гетьмана та розгромом шведів під Полтавою у 1709 році. Ця драматична подія та репресії, яких після поразки зазнала українська старшина, багатьох примусили шукати засобів виправдання себе перед швидким не розправу царем-переможцем. Так Стефан Яворський, який раніше писав красномовні панегірики на честь гетьмана І.Мазепи, був змушений у листопаді 1708 р. проголосити йому анафему з амвону Московського Успенського собору. А в новозбудованому ніжинському монастирі його фундатор розпорядився спорудити своєрідний пам'ятник на честь «Полтавської баталії»: в іконостасі соборного храму вмістили ікону з тріумфальним портретом царя Петра, зображеного верхи на коні. Можна гадати, що Яворський важко переживав ці драматичні події і свою вимушену участь в них. Сучасники згадували, що митрополит всіма можливими засобами намагався полегшити участь «мазепинців», яких жорстоко карав цар Петро…

У 1716 році, коли Благовіщенський храм у Ніжині освячували собором архієреїв за участю самого митрополита Стефана, то вирішили створити при ньому архімандрію і монастир, який нарекли «Богородичним Назаретом». У 1717 році Стефан Яворський надав монастирю грамоту, якою затвердив усі його привілеї та маєтності. Тоді ж до новозбудованої обителі приписали й ніжинський Красноострівський Ветхоріздвяний Георгіївський монастир з усіма його землями.

До останніх днів життя Стефан Яворський піклувався про збудовану в Ніжині обитель. Щорічно надсилав він до монастиря грошові пожертви та багаті подарунки. Тривалий час в монастирській ризниці зберігалися подаровані митрополитом дорогоцінні речі: срібний позолочений напрестольний хрест з мощами різних святих, золотий наперсний хрест та Панагія, прикрашені коштовним камінням та діамантами, жезл із слонової кістки, подаровані преосвященному Стефану східними патріархами, і, звичайно ж, найбільша цінність – книги. У 1721 році, незадовго до смерті, Стефан Яворський склав каталог своєї унікальної бібліотеки, що нараховувала понад 600 томів, і передав її Благовіщенському монастирю у Ніжині. У власноручному листі він писав, що дарує книги в Ніжин, «дабы в монастыре была своя библиотека для ученых иеромонахов, которые бы могли наставлением сих книг Слово Божие проповедати и народ поучати...» Освічений архієрей прагнув створити в Ніжині великий духовний навчальний заклад за зразком Київо-Могилянської академії, але, на превеликий жаль, цим мріям не було суджено втілитися в життя. Свій дарунок Стефан Яворський супроводив зворушливою елегією до бібліотеки: «Possesioris horum librorum luctuosum vale» («Стефана Яворського, митрополита Муромського та Рязанського, з книгами слізне прощання»), написаною віршами латинською мовою. Цей твір бароккової поезії став популярним вже у ХУІІІ ст. і неодноразово перекладався на тодішню російську книжну мову. Українському читачеві він більше відомий у блискучому перекладі М.Зерова.

В останні роки життя Стефана Яворського виявилися його ідеологічні та політичні розбіжності з царем Петром І. С.Яворському, як і багатьом ієрархам, не подобалася політика царя щодо церкви. Після скасування патріаршого устрою Російської церкви і утворення у 1721 році Священного Синоду, ставши його Президентом, Стефан Яворський виступав за відновлення патріаршества. Захищаючи традиційне православ'я, він критикував віротерпимість Петра, який сприяв поширенню ідей протестантизму та постійно порушував церковні канони. В численних проповідях митрополит рішуче, хоча й не називаючи імен, засуджував жорстокість та самодурство владної верхівки, за що особисто від Петра І отримав заборону проповідувати. Коли ж Яворський виступив на захист звинуваченого у зраді царевича Олексія Петровича, російський самодержець вирішив скомпрометувати митрополита і наказав розпочати проти нього слідство та цькування. Неодноразово просився митрополит Стефан, щоб його відпустили на рідну Україну, де б він міг знайти спокій в одному з монастирів, але хворого Яворського до останніх днів примусом тримали у Петербурзі, час від часу дошкуляючи йому витонченими інтригами. Не витримавши задушливої атмосфери сановної столиці, («вавілонського полону», як писав сам Яворський), у 1722 році преосвященний митрополит упокоївся на 64 році життя...

Драматичною була історія заснованого Стефаном Яворським монастиря в Ніжині. Після смерті Стефана Яворського, його наступник на посаді Президента Синоду та ідейний суперник Феофан Прокопович зробив все можливе, щоб звести нанівець діяльність свого попередника. Влада пішла навіть на нечуване на той час порушення умов заповіту померлого архієрея. У 1723 році гроші, які пожертвував С.Яворський перед смертю на «Богородичний Назарет», були конфісковані Священним Синодом. Невдовзі справа дійшла і до унікальної бібліотеки преосвященного Стефана: 1732 р. її було вилучено з Ніжина та передано до Харківського колегіуму, причому під час перевезення чимало унікальних видань та рукописів просто зникло. На сьогодні тільки близько 150 книжок з цієї книгозбірні збереглося у фондах наукової бібліотеки Харківського держуніверситету… Як результат, вже через 10 років після відкриття Богородичний Назарет виявився спустошеним: за свідченням архівних джерел тоді в монастирі залишалося не більше 4 монахів, а новозбудований Соборний храм був занедбаний так, що в ньому «голуби та горобці собі пристанище знайшли». Неодноразово дерев'яні споруди монастиря руйнувалися нищівними пожежами, які для тогочасного Ніжина були звичайним явищем... У 1930-х роках розпочалася гучна кампанія, спрямована на винищення духовності. В цей час безбожна влада, ніби у насмішку, здійснила цинічний експеримент, підселивши до монахів, що доживали віку на території Благовіщенського монастиря, черниць із щойно ліквідованої Введенської обителі. А невдовзі закрили й Богородичний Назарет, зруйнували кутову дзвіницю Петропавлівської церкви...

Кілька десятиріч понівечені споруди монастиря височіли над старовинною Гоголівською вулицею. Тільки своєчасне втручання фахівців Ради Міністрів України у 1961 році врятувало цю унікальну духовну пам'ятку від руйнування заповзятливими місцевими геростратами, які готувалися вирішити проблему нестачі коштів на реставрацію храму за допомогою бульдозерів... У 1968-1970 рр. на Благовіщенському соборі було розпочато реставраційні роботи, а наприкінці 1990-х рр. його споруди повернули церкві...